L'histoire mettra en scène Nick Fury qui fera appel à plusieurs héros du côté du bien pour affronter les ennemis de l'univers. Sachant que chaque personnage aura ses capacités de combat spécifiques.

Reprenant cette fois-ci les évènement du deuxième film centré sur les 4 Fantastiques, ce jeu vous propose d'incarner une nouvelle fois la super-team pour mettre fin aux agissement du Surfeur d'Argent, du Dr Fatalis, et de nombreux autres ennemis connus de l'univers Marvel !

Sur la base du film les 4 Fantastiques, le jeu vous propose de revivre les aventures de Mr Fantastic, la Torche Humaine, la Femme Invisible et la Chose, contre le puissant Dr Fatalis. En solo ou en coop, incarnez le groupe de super-héros et affrontez les ennemis de la super-équipe dans un beat'em all complet et survolté !

Lorsque les super-héros Marvel sont confrontés aux Imparfaits, des méta-humains créés pour leur tenir tête, cela donne un beat'em all impressionnant et destructeur où le décor est aussi destructible que l'ennemi ! Incarnez Spider-Man, Wolverine, la Chose, Iron Man, Tornade, Elektra et bien d'autres, et mettez fin à la menace des Imparfaits !

Une nouvelle fois, les héros sont obligés de s'allier. Mais cette fois-ci, ils devront aussi se combattrent ! La Civil War fait rage dans Marvel Ultimate Alliance 2, et les joueurs devront choisir leur camp ! Et vous, rejoindrez-vous la cause de Captain America, ou défendrez-vous les idées de Iron Man ?